Mol Cancer(IF 41.444)| 外泌体多组学-EV生物标志物在乳腺癌诊断和预后中的最新进展-技术前沿-资讯-生物在线

Mol Cancer(IF 41.444)| 外泌体多组学-EV生物标志物在乳腺癌诊断和预后中的最新进展

作者:上海中科新生命生物科技有限公司 2023-02-21T16:41 (访问量:10591)


目前由于乳腺癌(BC)诊断临床工具的单一化,不同体液的液体活检已成为一种微创诊断策略,它可为早期诊断、积极监测进展和预后复发提供肿瘤标记物的实时数据。细胞外囊泡(EV)是直径为50–1000 nm的纳米级膜结构,由细胞释放到生物液体中。EVs含有蛋白质、核酸和脂质,它们通过细胞间通讯在肿瘤发生和转移中发挥关键作用。使用基于质谱的蛋白质组学和高通量测序技术,研究小EV(sEV)的蛋白质和miRNA是新的BC生物标志物的潜在来源。本文阐述了sEV分离和表征的新技术,总结了用于BC诊断、预后的sEV蛋白和miRNA生物标志物,讨论了当前sEV生物标志物研究的局限性以及未来的应用前景。

重要结果

1. 在BC液体活检中sEV作为生物标志物来源的优势

目前,用于肿瘤诊断和预后最常见方式是组织活检。然而,组织活检很难获得样本,并且来自活检样本的肿瘤分子和遗传信息多为早期检测,筛查和监测存在局限性。为了克服传统生物标志物鉴定和验证手段的技术挑战,提出了基于体液活检的分析,其重点是利用循环肿瘤细胞(CTCs),循环肿瘤DNA(ctDNA),各类体液(包括血液,尿液和唾液)中的细胞外囊泡(EVs)作为肿瘤诊断和预后生物标志物的来源。与组织活检相比,体液活检能够追踪异质性,实时监测肿瘤转移和进展,减少疼痛和副作用,并且获得样本的过程更快,更容易。

而在BC体液活检领域中,许多研究人员已将重点转向sEV,因为它们在生物体液中相对更丰富,细胞中的生物含量丰富,且形态稳定。对于临床应用,第一个基于sEV的商业试验ExoDx™ 前列腺(IntelliScore)于2017年推出,由FDA批准,该测试能够将前列腺癌症患者的组织活检采集量减少27%。这表明,来自体液活检的sEV为生物标志物的开发开辟了一条新的途径,可以影响包括BC在内的各种癌症的诊断、预测和治疗。


图1 液体活检在乳腺癌诊断中的应用

2. sEV分离和表征

理想的sEV富集方法简单、高通量、快速、成本低、纯度高。然而,由于生物样本的复杂性和EV的异质性,目前的分离方法都不符合这些标准。克服这些障碍的一种可能是结合两种或多种分离技术。例如,据报道,与单独使用体积排除色谱法(SEC)或超速离心(UC)相比,在BC细胞系中使用聚乙二醇(PEG)沉淀结合SEC,可在更短的时间内富集20至200倍高浓度的sEV蛋白。此外,在BC患者的血清中进行半个周期的UC后结合ExoQuick或Total Exosome Isolation试剂盒,可显著提高产量,减少耗时。总之,继续开发联合分离技术可能是选择和分离sEV的可行选择,这有助于下游分析和临床应用。

从乳腺癌症(BC)血样和细胞系中分离出的sEV可以通过大小、形态、浓度和sEV标记物来表征。sEV尺寸和浓度可以通过纳米粒子跟踪分析(NTA)和单粒子干涉反射成像传感器(SP-IRIS)进行分析。电子显微镜(EM)可以根据大小和形态对sEV进行分类。纳米流式细胞术(nFCM)、高灵敏度流式细胞仪(HSFCM)、高分辨率流式细胞(hFCM)和荧光活化囊泡分选(FAVS)可以使用各种sEV标记物对sEV进行亚群分类。sEV蛋白可以通过基于质谱的分析(包括无标记和基于标记的定量)来分析。为了验证sEV蛋白和肽段标记物,可以使用多重反应监测(MRM)、平行反应监测(PRM)、蛋白质印迹(WB)和酶联免疫吸附试验(ELISA)。


图2 小细胞外囊泡(sEV)检测和表征

3. 在BC诊断、预后和化疗耐药中sEV蛋白生物标志物的作用

从BC患者的细胞上清液和血液样本中收集sEV。分离的sEV通过蛋白质组学方法(如液相色谱-串联质谱(LC–MS/MS)和反相蛋白质微阵列(RPPA))进行分析,并通过sEV蛋白质检测方法(包括酶联免疫吸附试验(ELISA)和蛋白质印迹(WB))进行验证。鉴定了BC sEV样品中的各种上调或下调蛋白,可用于BC诊断、预后和预测BC化疗耐药性。


图3 sEV蛋白生物标志物

4. 在BC诊断、预后和化疗耐药中sEV miRNA生物标志物的作用

miRNA是长度约为19-25个核苷酸的短单链非编码RNA分子,可以通过直接与靶mRNA的3'非翻译区结合来抑制基因功能。使用高通量测序(NGS)分析研究发现,miRNA是sEV中最显著的RNA种类,并鉴定出593种独特的miRNA。在血液中,将miRNA封装在sEV中可以提供稳定的环境,促进细胞间的远距离通信。因此,携带释放到血液中的miRNA的肿瘤衍生sEV可能是疾病诊断、预后和治疗管理的宝贵生物标志物资源。

收集BC血浆和细胞上清液样本,通过逆转录酶定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、高通量测序(NGS)和微阵列分析分析分离的含有miRNA的sEV。BC样本独特的sEV miRNA表达谱对BC的诊断、预后和预测化疗耐药具有价值。


图4 sEV miRNA生物标志物


结论

为了提高BC的诊断和预后,研究人员越来越关注体液活检,因为其侵袭性有限,适合于肿瘤监测。根据文章描述的证据,监测sEV衍生蛋白和miRNA的变化对于BC生物标志物翻译具有巨大的潜力和前景。

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